주식을 매도할 때도 세금을 내는 경우가 있다.
일반적으로 토지나 건물을 팔아야만 양도소득세를 내는 것으로 생각할 수 있다. 하지만 부동산에 대한 권리(부동산을 취득할 수 있는 권리, 지상권ㆍ전세권 및 등기된 부동산임차권), 토지ㆍ건물과 함께 파는 영업권, 시설물이용권(골프회원권 등)을 팔아도 매매차익이 있다면 양도소득세를 내야 한다. 주식의 경우에는 주식 발행 법인의 부동산 보유 비율, 상장 여부, 대주주에 해당되는지 여부 등에 따라서 과세 방법과 낼 세금이 달라진다.
먼저 골프장ㆍ콘도미니엄 등 시설물을 일반인에 비해 배타적으로 또는 유리한 조건으로 이용할 수 있는 권리가 부여된 주식, 자산총액에서 토지ㆍ건물가액이 차지하는 비율이 80% 이상인 법인의 주식, 골프장ㆍ스키장ㆍ휴양콘도미니엄ㆍ전문휴양시설을 운영하는 법인의 주식 등을 팔면 상장 여부와 관계없이 1주만 팔아도 매매차익의 6%에서 35%의 양도소득세를 내야 한다.
이러한 주식을 파는 행위는 그 실질적인 경제적 효과가 회원권 또는 부동산을 파는 것과 같다고 보기 때문이다. 물론 양도소득세에는 10%의 주민세가 별도로 붙는다. 또한 자산총액에서 토지ㆍ건물가액이 차지하는 비율이 50% 이상인 법인의 주식을 50% 이상 보유하고 있던 주주 1인과 그 특수관계자가 3년 내 기간에 그 법인의 발행 주식 총수의 50% 이상을 팔면 역시 상장 여부와 관계없이 매매차익의 6%에서 35%의 양도소득세를 내야 한다.
위와 같은 특수한 경우에 해당되지 않는 주식에 대해서는 다시 상장된 주식인지 여부 등에 따라 다음과 같이 과세 방법이 다르다.
우선 상장법인의 주식은 주식시장의 거래 활성화를 위해 정책상 원칙적으로 양도소득세를 내지 않도록 하고 있다. 다만 장외에서 거래하는 상장법인의 주식과 다음 중 하나에 해당되는 상장법인의 대주주가 보유한 주식은 그중 단 1주만 팔아도 매매차익의 20%(대기업의 대주주가 1년 미만 보유하다 파는 주식은 30%)에 해당되는 양도소득세를 내야 한다.
대주주에 해당되는지 여부는 직전 사업연도 종료일을 기준으로 하며 그와 특수관계에 있는 자들이 보유한 주식도 합해서 계산한다.
첫째, 해당 상장법인의 발행 주식 총수의 3%(코스닥 상장법인 또는 벤처 상장기업인 경우는 5%) 이상 보유한 경우. 둘째, 해당 상장법인에 보유한 주식의 시가총액이 100억원(코스닥 상장법인 또는 벤처 상장기업인 경우에는 50억원) 이상인 경우. 마지막으로 비상장 법인의 주식을 팔면 무조건 양도소득세를 내야 한다.
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